新型溫室大棚在種植前，必須要進行滅菌消毒，因為溫室大棚內溫度、濕度較大，適宜病原生物繁殖和害蟲越冬，經過兩年以上生產后，病蟲害的種類繁多，而且逐年加重。另外，土壤、植物本身的殘枝落葉和大棚骨架是多種病蟲害傳播媒介和反正、越冬場所。因此，必須對大棚進行消毒。

溫室大棚在消毒時一般在大棚下茬作物播種和定植前2~3天進行全部清理，出去殘株落葉。室內消毒雨般采用硫磺熏煙法，密閉大棚數日后擇晴天進行，每立方米空間是硫磺4克、鋸木8克，于晚上7時，每隔2米距離堆放鋸木，攤平后撒一層硫磺粉，導入少量酒精，逐個點燃，24小時后要防風排煙。此消毒效果好，成本很低，取材方便。

也可用百菌清等煙劑消毒，每隔7~10天煙熏1次，連續3次以上，效果顯著。方法是清理田園后樣密閉即可煙熏。可用45%百利煙劑或百菌清和腐霉劑混合煙劑對灰霉病為主的病害防效顯著。煙熏劑的用藥量為每立方米空間0.2~0.3克。每畝面積，30%腐霉利熏劑用量為300~500克，45%百菌清煙劑為200~250克，均勻放置后，分別點燃，隨即密閉煙熏2~3小時。在夏季高溫季節，可用高溫悶棚法。將大棚全部封閉，利用太陽能和棚內高溫進行室內消毒，密封暴曬15~20天，5~10厘米深土壤溫度可達40~60度，土溫能夠達到50~70度。

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